متاحف الفاتيكان (بالإيطالية:Musei Vaticani) هي متاحف منحوتات وأعمال فنية عامة في مدينة الفاتيكان. والتي تعرض مجموعة كبيرة من الأعمال التي تملكها كنيسة الرومان الكاثوليك. أوجد البابا جوليوس الثاني المتاحف في القرن الثالث عشر. كنيسة السيستين وغرف رافاييل التي تم تزيينها بواسطة الفنان رافاييل هي في طريق زوار متاحف الفاتيكان. زار المتاحف في 2007 قرابة 4,300,000 شخص.
ترجع بداية تأسيس متاحف الفاتيكان إلى منحوتة رخامية واحدة اشتراها الفاتيكان قبل نحو 500 عام. وهي تمثال لاكون وأبناؤه "Laocoön and His Sons". وهو الكاهن الذي حسب المثيولوجيا الإغريقية حاول أن يقنع شعب طروادة بأن لايقبلوا "هدية" اليونانيين وهي الحصان المجوف، وكان التمثال قد اكتشف في 14 يناير 1506 في مزرعة للعنب خلف بازلكية سانتا ماريا مايوري في روما. قام البابا جوليوس الثاني بارسال جوليانو دو سانغالو ومايكل أنجلو الذي كان يعمل في الفاتيكان أرسلهم لدراسة الاكتشاف. وبناء على توصياتهما قام جوليوس الثاني بشراء المنحوتة من مالك مزرعة العنب.
قام جوليوس الثاني بوضع منحوتة "لاكون وأبناؤه في قبضة ثعبان البحر" للعرض العام. احتفل الفاتيكان في 2006 بمرور 500 عام على عرض المنحوتة.
تم وضع مجموعة الفاتيكان في أحد البيوت في روما. حتى أمر البابا بيوس الحادي عشر ببناء مبنى مستقل صممه لوكا بلترامي. المتحف لديه أعمال فنية لعدد من الفنانين بينهم مايكل أنجلو ورافيللو وفرا أنجيليكا.
مجموعة الفن الديني الحديث تحوي عدد من الأعمال والمنحوتات لكارلو كارا وجورجيو دي كريكو.
مجموعة المتاحف تتضمن عددا من المتاحف التي تحيط بساحة البلفيدير، وهي: متحف بيو كلمينتينو، متحف كيارامونتي، متحف غريغوريان اتروسكو والمتحف المصري (موزيو إيجيتسيانو).